Sinh ra tại Niendorf, Hamburg, Effenberg bắt đầu thi đấu bóng đá chuyên nghiệp cho câu lạc bộ Borussia Mönchengladbach, một lựa chọn bắt buộc khi chưa đầy 20 tuổi. Điều này đã khiến cho gã khổng lồ Bayern để mắt tới. Sau đó anh thi đấu cho Bayern, ghi được 19 bàn trong hai mùa đầu tiên cho câu lạc bộ nhưng không đạt được bất cứ danh hiệu Bundesliga nào.

Khi huyền thoại Lothar Matthäus quay trở lại Bayern vào năm 1992 thì Effenberg lúc này đã chuyển sang thi đấu cho ACF Fiorentina. Trong mùa đầu tiên, anh tỏ ra rất mờ nhạt vì đội hình của Fiorentina bấy giờ còn có hai ngôi sao khác là Brian Laudrup và Batistuta.

Effernberg quay trở lại thi đấu cho Borussia. Anh đã ghi 23 bàn thắng trong hơn 118 trận ra sân cho câu lạc bộ.

Ấn tượng trước thành tích thi đấu của Efferngerg, Bayern tái ký hợp đồng với anh lần thứ hai. Trong lần trở lại này, Effenberg đã đạt được nhiều thành tích đáng kể. Anh đã cùng câu lạc bộ ba lần liên tiếp lên ngôi tại giải Bundesliga, vô địch Cúp C1 mùa giải 2000-2001 (thắng Valencia trong loạt sút luân lưu), đích thân ghi bàn thắng sang bằng tỉ số 1-1 trong trận chung kết với Valencia. Tại cúp C1 năm đó, anh cũng được bầu chọn là Cầu thủ của năm.[1] Sau khi giải nghệ, Effenberg được cổ động viên bình chọn vào đội hình mười một cầu thủ xuất sắc nhất mọi thời đại của Bayern.[2]

Sau một mùa giải thi đấu cho VfL Wolfsburg, Effenberg kết thúc sự nghiệp của mình tại Qatar khi gia nhập Câu lạc bộ thể thao Al-Arabi.